Với những cống hiến của mình, Trần Hồng Uy đã được tặng thưởng 4 bằng Lao động sáng tạo, 3 bằng Tác giả sáng chế, 2 Huân chương Lao động hạng ba cùng với 2 giải thưởng quốc tế của Trung tâm Cải tạo giống Ngô và Lúa mì Quốc tế - CYMMYT vào năm 1993 và Chương trình ngô vùng châu Á - ARMP vào năm 1998. Bên cạnh đó, ông đã được Nhà nước Việt Nam trao tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh về Khoa học - Công nghệ trong lĩnh vực Nông nghiệp với công trình nghiên cứu tạo giống ngô lai ở Việt Nam và danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới vào năm 2000.[2][3]